Meski begitu, Persebaya juga sempat tenggelam di era Liga Indonesia. Setelah juara pada 2004, Persebaya bahkan mundur di pertengahan kompetisi musim 2005 sehingga menerima hukuman dan degradasi ke Divisi Satu.
Pada 2008, Persebaya kembali ke kasta tertinggi sepakbola di Indonesia. Akan tetapi, Persebaya terbelah menjadi dua pada musim 2009-2010 karena dualisme yang melanda persepakbolaan nasional.

Persebaya menerima hukuman pembekuan. Setelah hukuman dicabut pada 2017, Persebaya bangkit dengan menjuarai Liga 2. Persebaya pun naik kasta ke Liga 1 2018 dan bertahan di kasta tertinggi hingga sekarang.
Bajul Ijo kini tengah mempersiapkan diri untuk Liga 1 2021 setelah kompetisi musim sebelumnya berhenti di tengah jalan karena pandemi Covid-19. Persebaya diharapkan bisa mengukir prestasi tertinggi pada musim 2021.
(Mochamad Rezhatama Herdanu)