Namun, selepas itu, ia selalu menjadi andalan Timnas Indonesia siapapun pelatihnya, bahkan dipercaya menjadi kapten. Salah satu kekecewaan besarnya adalah mengantarkan Timnas Indonesia memenangi medali emas SEA Games 1997 Jakarta. Skuad Garuda saat itu kalah adu penalti dari Thailand.
Setelah pensiun, Fakhri Husaini langsung memutuskan jadi pelatih. Ia tercatat pernah menjadi asisten pelatih Timnas Indonesia U-23 dan Timnas Senior pada 2004, di situ ia belajar langsung dari Peter Withe.
Karier kepelatihannya kemudian menukangi Tim sepak bola PON Kaltim pada 2008. Ia mempersembahkan medali perunggu.
Setelah tugasnya selesai dengan tim PON Kaltim, ia kemudian menerima tawaran melatih Bontang FC pada 2008. Baru pada 2014, Fakhri Husaini kembali ke jajaran pelatih Timnas Indonesia.
Ia ditunjuk PSSI awalnya untuk menangani Timnas Indonesia U-17. Kemudian pada 2015, ia menjabat sebagai pelatih Timnas Indonesia U-19.
Kemudian, Fakhri Husaini mendapat mandat untuk menangani Timnas Indonesia U-16 pada 2017. Terbukti tepat, tangannya dinginnya berhasil mengantarkan Timnas Indonesia U-16 juara Piala AFF U-16 untuk pertama kalinya, yakni pada 2018.
Kini, pelatih yang identik dengan topi dan jaket kalau di pinggir lapangan itu melatih tim Liga 2, Persela Lamongan.
Belakangan, namanya menjadi buah bibir warganet setelah mengeluarkan pernyataan soal "local pride" karena keberhasilan Bima Sakti antar Timnas Indonesia U-16 menjadi juara Piala AFF U-16 2022. Ia diduga warganet menyindir Shin Tae-yong. Akan tetapi, apapun itu, Fakhri Husaini layak dikenang sebagai salah satu pelatih yang berjasa untuk negara Indonesia.
(Rivan Nasri Rachman)