Pada musim pertamanya bersama Selangor FA, Bepe bergelimang gelar. Dia membawa Selangor FA menjuarai Liga Primer Malaysia (kasta kedua sepakbola Malaysia), Piala Malaysia, Piala FA Malaysia, dan Piala Sultan Selangor pada 2005. Tidak hanya itu, ia juga dianugerahi sebagai pemain asing terbaik Piala Malaysia dan pencetak gol terbanyak Piala FA pada tahun yang sama.
Meski begitu, Bambang Pamungkas tetap menjadikan Persija Jakarta sebagai tempatnya untuk pulang ketika memutuskan kembali meramaikan kompetisi sepakbola Tanah Air. Ia kembali memperkuat Persija Jakarta dan bertandem dengan Aliyudin di lini depan tim pada 2007.

Akan tetapi, setelah enam musim (2007-2013) kembali memperkuat Persija Jakarta, sebuah langkah mengejutkan sempat diambilnya dengan hengkang ke salah satu klub asal Bandung, Pelita Bandung Raya (PBR) pada 2014.
Namun, kala itu ia beralasan kepindahannya ke PBR murni karena urusan profesionalisme. Sebab, berbagai rumor sempat bermunculan terkait kepindahan Bambang Pamungkas saat itu, salah satunya dikaitkan dengan masalah internal yang tengah terjadi di kubu Persija Jakarta.
Bertahan satu musim bersama PBR, Bambang Pamungkas kemudian memilih kembali memperkuat Persija Jakarta pada 2015 hingga akhirnya memilih pensiun pada akhir 2019.
Jauh sebelum namanya bersinar bersama Persija Jakarta, Bepe justru lebih dulu mendapat panggilan untuk memperkuat Timnas Indonesia U-19 pada sebuah turnamen di Manila, Filipina pada 1998. Sebanyak tujuh gol berhasil ia sarangkan pada turnamen tersebut.