Nantinya dari setiap grup hanya akan diambil penghuni peringkat satu dan dua untuk lolos ke babak delapan besar. Pada babak berikutnya juga akan diputar dengan sistem home tournament. Undian akan dilangsungkan ketika fase grup selesai.
Sebelumnya, ada enam klub yang mengajukan diri sebagai tuan rumah, yakni Sulut United, PSCS Cilacap, Lampung Sakti, PSMS Medan, PSPS Riau, dan Persis Solo. Namun, tim yang disebut terakhir mundur karena terlambat mengajukan diri.
Dari hasil undian, akhirnya empat tim terpilih sebagai tuan rumah, yakni Badak Lampung di Grup A, PSCS Cilacap Grup B, PSPS Riau untuk Grup C, dan Grup D PSMS Medan. Dari hasil undian, grup D terlihat menjanjikan persaingan sengit karena dihuni tim-tim yang berambisi naik kasta.
Berikut hasil undian lengkap Liga 2 2020.
Grup A: Badak Lampung (tuan rumah), Persewar Waropen, Cilegon United, PSBS Biak, Perserang Serang, Muba United