Juara dan runner up masing-masing grup berhak lolos ke babak 8 besar. Kemudian untuk babak 8 besar, format kompetisinya masih sama seperti di babak sebelumnya dan berlangsung tanggal 27 Mei sampai 1 Juni 2024.
Usai babak 8 besar, babak semifinal akan berlangsung tanggal 4 Juni 2024 dengan sistem knock out-single match, pemenang pertandingan akan lolos ke final. Laga final akan berlangsung tanggal 7 Juni 2024.
Berikut Hasil Drawing Putaran Nasional Liga 3 2024:
Grup A: Persibo Bojonegoro, PSM Madiun, Waanal Brothers FC, Persikas Subang
Grup B: Persiku Kudus, NZR Sumbersari, Persekabpas Pasuruan, PSGC Ciamis
Grup C: PCB Persipasi, Persipani Paniai, Dejan FC, Tornado FC Pekanbaru
Grup D: 757 Kepri Jaya FC, Persiba Bantul, Persikota Tangerang, Adhyaksa Farmel F
(Wikanto Arungbudoyo)