AS Roma pertama kali kepincut Nainggolan setelah meminjamnya dari Cagliari pada Januari 2014. i Giallorossi -julukan AS Roma, kemudian membelinya secara permanen pada Juli 2014.
Beberapa musim bersama AS Roma, Nainggolan bermain sebanyak 203 pertandingan di seluruh kompetisi. Sepanjang itu, dia ikut menyumbang 33 gol dan 28 assist.
Inter Milan membeli Nainggolan dari Roma pada Juli 2018 dengan bayaran Rp660,50 miliar. Namun, penampilannya bersama La Beneamata -julukan Inter Milan terbilang kurang moncer.
Sempat juga beberapa kali dipinjamkan ke Cagliari, Nainggolan di sini hanya bermain sebanyak 41 pertandingan. Dia juga menorehkan 7 gol dan 3 assist.
Pada Agustus 2021, Nainggolan pulang ke Belgia dan bergabung bersama Royal Antwerp dengan bebas transfer. Hanya dua musim, dia mencatatkan 55 caps dengan sunmbangsih 6 gol dan 5 assist.
Pada Januari 2023, Nainggolan kembali ke Italia setelah didatangkan SPAL yang bermain di Serie B. Namun, dia hanya bertahan setengah musim saja.
Nainggolan di sini bermain sebanyak 10 pertandingan. Selama itu, dia ikut menyumbang 1 gol dan 1 assist.
