Namun, bukan berarti Shin Tae-yong lepas tangan dengan tim-tim di bawahnya seperti Timnas Indonesia U-16, U-19 dan U-23. Ia saat itu ditugaskan memsupervisi tiga timnas kelompok umur tersebut, supaya programnya berkeseninambungan dengan tim senior.

(Gong Oh-kyun pernah menjabat sebagai pelatih Timnas Indonesia U-19)
Saat itu, masing-masing tim sudah memiliki pelatih kepala. Timnas Indonesia U-23 dipegang Indra Sjafri, Timnas Indonesia U-19 dibesut Gong Oh-kyun dan Timnas U-16 ditangani Bima Sakti.
Namun, semuanya berubah di tengah jalan. Indra Sjafri tiba-tiba diangkat menjadi Direktur Teknik PSSI dan Gong Oh-kyun mengundurkan diri. Alhasil, Shin Tae-yong harus memegang dua posisi peninggalan Indra Sjafri dan Gong Oh-kyun, yakni membesut Timnas Indonesia U-19 dan Timnas Indonesia U-23.
Daftar staf pelatih Timnas senior Indonesia hingga U-16 di awal-awal kepelatihan Shin Tae-yong:
Timnas Indonesia senior
Pelatih: Shin Tae-yong
Asisten: Indra Sjafri, Kim Hae-woon, Lee Jae-hong
Timnas Indonesia U-23
Pelatih: Indra Sjafri
Asisten: Nova Arianto, Kim Woo-jae
Timnas Indonesia U-19
Pelatih: Gong Oh-kyun
Asisten: Nova Arianto
Timnas Indonesia U-16
Pelatih: Bima Sakti
Asisten: Indriyanto Nugroho, Firmansyah, Markus Horison
(Ramdani Bur)