SESUAI dengan ketentuan di Liga Futsal Profesional 2020, Blacksteel Manokwari sebagai juara berhak mewakili Indonesia untuk berlaga di ajang AFC Futsal Club Championship 2021 yang ditunda ke tahun 2022 dan SKN FC Kebumen sebagai runner up berhak mewakili Indonesia di AFF Futsal Cup 2021.
SKN FC menyatakan tidak akan mengikuti AFF Futsal Cup 2021 yang akan digelar pada 12 – 18 September 2021. Sementara klub alternatif yang menduduki peringkat 3 di Liga Futsal Profesional 2020, BTS FC juga menyaatkan tidak dapat ikut serta dalam ajang tersebut.

Dalam surat yang dikirimkan ke FFI, kedua tim menyatakan tidak berpartisipasi dalam ajang tersebut karena tim mereka tidak siap.
1. Waktu penyelenggaraan kurang dari 1 bulan tidak cukup untuk melakukan persiapan, baik dari pemain, ofisial, maupun pendanaan.
2. Pada masa pandemi klub tidak bisa menjalankan kegiatan secara normal dan memprioritaskan kesehatan serta keselamatan.
BACA JUGA: Berangkat Lebih Dulu, Tim Futsal Kepri Siap Tempur di PON XX Papua 2021
Beberapa pihak menyayangkan ketidakikutsertaan tim Indonesia di ajang AFF Futsal Cup 2021, terutama atlet yang sudah lama menahan rindu untuk berkompetisi apalagi di event Internasional seperti AFF Futsal Cup. Indonesia yang diwakili IPC Pelindo II pernah menjadi juara di ajang tersebut di Jakarta pada Januari 2015.